Aqui tem tudo, mas vou copiar as principais partes pra cá.

Os provedores de busca do Gnome-Shell são descritos pelos arquivos XML que estão no diretório /usr/share/gnome-shell/search_providers_

Lá vai ter dois XML files, google.xml e wikipedia.xml

Vamos criar um novo provedor de busca. Copie o arquivo google.xml como um template

$ sudo cp /usr/share/gnome-shell/search_providers/google.xml /usr/share/gnome-shell/search_providers/duckduckgo.xml

Agora vamos abrir o arquivo e mudar alguns detalhes para uma busca no duckduckgo:

$ sudo nano /usr/share/gnome-shell/search_providers/duckduckgo.xml

Mude as seguintes tags do XML:

<ShortName>DuckDuckGo</ShortName>
<Description>DuckDuckGo Search</Description>
<Url type="text/html" method="GET" template="http://www.duckduckgo.com/?q={searchTerms}"/>

A única parte difícil é descobrir como o mecanismo de busca faz a busca. No duckduckgo, dei uma procurada – dá para ver na barra de navegação como ele adiciona seus termos de busca.

Para realizar as mudanças, você precisa reiniciar o Gnome Shell apertando Alt+F2, escrevendo “r” e apertando enter. E o resultado final:

(Dá para fazer umas outras alterações na configuração do linux em geral através do comando dconf-editor.)