Gracias a que las Fuerzas de Liberación Nacional han inducido a lugareños chiapanecos para integrarse a su proyecto armado, la conformación de un ejercito popular empieza a ser realidad. Es así, que el 17 de Noviembre de 1983 se logra instalar el primer campamento del Ejercito Zapatista de Liberación Nacional en la Selva Lacandona.

Desde finales de la década de los 70s, las FLN cuentan con algunos militantes indígenas, pero hasta que contactan con catequistas católicos inician los reclutamientos masivos.

Sucede que los líderes guerrilleros entablan relaciones con la cúpula del clero chiapaneco, en concreto con la diócesis de San Cristóbal de las Casas. El obispo Samuel Ruiz era la principal autoridad religiosa de la región, el cual, inspirado en la Teología de la Liberación (ideología católica, influenciada por el leninismo, que aspira a una Iglesia para los pobres) establece un modelo de evangelización llamado Teología India.
Esta Teología India pretende hacer “el reino de dios en la Tierra”. Para ello, sacerdotes progresistas predican el evangelio en comunidades de la selva, a lo que nombran La Pastoral. Para afianzar su misión, los agentes de La Pastoral crean una estructura de católicos confesos (catequistas, diáconos y beatos) que emergerán como líderes en sus comunidades.

A partir del Congreso Indígena de 1974, el obispo decide que los líderes adoctrinados deben recibir capacitación política para organizar a sus comunidades. De modo que la diócesis autoriza el ingreso de asesores. Es así como se introducen a la selva brigadas de las organizaciones: Unión del Pueblo y Línea Proletaria.

Ambos agrupamientos se ocupan de implantar un modelo maoísta. Su objetivo es generar Poder Popular basado en la autogestión de las masas, lo que denominan lucha popular prolongada. Para ello, capacitan a las colectividades en la implementación del asambleísmo. Aunque tales métodos no eran nada horizontales, pues, los líderes nativos hacían imperar su voluntad.

Por influencia de los asesores políticos, se conformaron uniones ejidales (asociaciones agrarias) para negociar con el gobierno. Dichas uniones adquieren poderío, y engendran fuertes liderazgos indígenas.
Para el año de 1977, los maoístas entran en conflicto con la diócesis de San Cristóbal, pues pretenden tomar el control pleno de las comunidades y desplazar a la jerarquía eclesial. Entonces, el obispo rompe con ellos y los expulsa de la selva. Tras la expulsión de los asesores, los militantes de las FLN aprovechan para infiltrarse en las poblaciones. De hecho, se sirven de la estructura comunitaria maoísta para establecer sus propias bases de apoyo. Debido a que las FLN tienen una ideología leninista con tendencia al maoísmo vietnamita, es natural para los indígenas aceptar la prédica política de los guerrilleros, pues ya habían sido iniciados en el maoísmo.

La iglesia regional aprueba la presencia guerrillera en la selva. Sin su consentimiento hubiera sido imposible para las FLN acceder a las comunidades, pues la incorporación de bases de apoyo se realizó en congregaciones fieles a La Pastoral. Incluso, el crecimiento masivo que experimentaran se debió al reclutamiento de líderes indígenas vinculados con la diócesis, pues ellos indujeron a comunidades enteras a ingresar a la organización armada. Por eso, la mayoría de los miembros del EZLN no se hicieron militantes zapatistas por decisión propia, sino obedeciendo indicaciones de sus líderes comunitarios.

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La radicalidad campesina fue determinante para el crecimiento de las FLN-EZLN. Durante los años 70s y 80s, los campesinos tenían como método de acción la ocupación de tierras, a lo cual el gobierno responde con el terror: desalojos, balaceras, encarcelamiento, asesinatos, violaciones sexuales y torturas. Ante tal violencia, los indígenas hacen uso de la autodefensa armada, logrando resistir las agresiones de policías y hasta del ejército mexicano. Esa disposición al antagonismo será aprovechada por los mandos guerrilleros para conformar su ejército, pues, la utilización del discurso de la lucha armada parecía coincidir con la percepción campesina de que la única manera de obtener tierras era empuñando el fusil. No obstante, la función de la estructura guerrillera será contener tales impulsos de confrontación, sometiéndolos a los intereses de la jerarquía militar.